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三門地貌特徵為西南部以低山丘陵為主，東北部為沿海平原，海岸曲折，島嶼眾多。按地貌類型大體分如下四個區域：
西部、中部低山區 約佔全縣陸地面積的十分之四。其中低中山類型，海拔在800-1000米之間，分佈在湫水山和雙尖山東部，居中部沙柳、海游、亭旁、橫渡等鄉鎮，為境內最高山地，其中低山類型，海拔在500-800米之間，分佈在雙尖山、大龍嶺、湫水山等處，居西北部的珠岙、高枧、亭旁、海游及中部六敖、橫渡、花橋等鄉鎮，低山區的清溪、珠游溪、亭旁溪、園裏溪、白溪流域，産生了沙柳、海游、亭旁、邵家、懸渚、頭岙、園裏、橋頭等帶條狀河谷平原，地勢低平，灌溉便利。
東部丘陵區 總面積約301.34平方公里，佔陸地面積的十分之三。其中高丘陵型，海拔在250-500米之間，分佈在石筍山、長大山等處，居健跳、橫渡、浬浦、沿赤和花橋、小雄等鄉鎮，面積約200多平方公里。其中低丘（含&地）類型，海拔在10-250米之間，多分佈在健跳、沿赤、花橋、小雄、泗淋等鄉鎮，面積近80平方公里。&地分佈在花橋、小雄等鄉鎮，面積約近10平方公里。
濱海平原區 由清溪、珠游溪、亭旁溪、白溪、花橋溪、山場溪等溪流沖積和海浪搬運淤積而成，海拔在10米以下，地勢平坦，土層深厚而肥沃，分佈在濱海六敖、沿江、浬浦、沿赤、花橋、泗淋、小雄等鄉鎮，佔陸地總面積的十分之三。
沿海島礁區 沿海島礁的地質構造、岩性和地貌形態，都是陸地山脈丘陵的直接延伸部分，境內共有122個島嶼，島嶼岸線曲折，多懸崖陡壁。海拔在100米以上的島嶼有擴塘山、田灣島、花鼓島、龍山、下萬山等，淡水資源除蛇蟠島、花鼓島、大嶼、田灣島、龍山、滿山、光澤等島外，其餘較缺乏。
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