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西南大學科研團隊上線“數字家蠶”共用分析平臺

  11月22日,重慶日報記者從西南大學資源昆蟲高效養殖與利用全國重點實驗室獲悉,該實驗室代方銀教授團隊日前上線了“數字家蠶”共用分析平臺(SilkMeta),該平臺整合了家蠶泛基因組及多組學數據,將具有上千個種質資源的線下實體基因資源庫,轉化為組學序列線上數據庫。據悉,這也是迄今為止涵蓋數據類型最全、數據量最大的家蠶組學數據庫。

  該研究成果線上發表在生物學領域國際著名期刊《核酸研究》上,題為《SilkMeta:一個家蠶泛基因組和多組學數據共用分析平臺》。

  代方銀介紹,在現代蠶學研究和育種實踐中,家蠶泛基因組及多組學數據是科學家手裏不可或缺的基礎資源,合理使用可以大大縮短研究和育種的時間,顯著提高工作效率。但這些數據的分析利用,對一般用戶來講,具有較高的技術壁壘,成本也很高。

  “這個平臺就像一部智能、高效的家蠶基因‘數字字典’或‘超級圖書館’,研究人員能在這裏快速獲取家蠶基因組相關資訊。”西南大學資源昆蟲高效養殖與利用全國重點實驗室博士後陸昆鵬表示,平臺整合了家蠶基因組、轉錄組、變異組、表型組等多組學數據和功能基因研究數據,並提供開展比較基因組和功能基因組等方面研究的分析工具。

  據了解,去年10月,代方銀團隊完成家蠶大規模種質資源基因組解析,成功繪就世界上首張家蠶超級泛基因組圖譜,率先實現了家蠶基因庫數字化,創建了“數字家蠶”。

  此次平臺的上線則代表著西南大學的家蠶基因研究已從“技術領跑”到“數據共用”,全球科學家都能在該平臺獲得基因數據,實現種質資源基因組、遺傳變異及表型的開放共用和可視化、便利化分析。

  “我們希望通過數據共用,進一步推動家蠶基因研究,讓人與自然協調發展。”中國工程院院士、西南大學蠶學與係統生物學研究所所長向仲懷表示。(記者 李志峰 實習生 卜俊丹)

編輯: 陶玉蓮
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