1900年

    

 

    春,天主教西南蒙古教區總堂二十四頃地教堂的教民石儉生等率300余名教徒,殺害當地高佔年等蒙漢族農牧民9人,拋屍於黃河。此案逐級上報到清朝總理各國事務衙門,總理各國事務衙門通知該教堂交出殺人兇犯,但被拒絕。綏遠城將軍遣官兵前去捉拿,又遭頑抗不果。
    夏,內地義和團傳入內蒙古並發展迅速,各地陸續掀起反洋教鬥爭。7月,義和團數千人驅逐赤峰地區傳教士,焚燬教堂、房屋等設施;豐鎮隆盛莊義和團800餘人攻佔七蘇木教堂;薩拉齊廳義和團數千人攻克二十四頃地教堂,生擒石儉生等兇犯和庇護兇犯之西南蒙古教區主教韓默理,遂即處死;托克托、和林格爾等地義和團聯合歸綏駐防清軍、四子王旗蒙古官兵及當地群眾,搗毀鐵圪旦溝和烏爾圖溝兩座教堂,殺死傳教士3人;阿拉善旗蒙古官兵聯合當地反洋教群眾,攻佔了三盛公及其周圍教堂,驅逐傳教士15人;伊盟各旗反洋教群眾攻打小橋畔、城川、大淖兒、小淖兒等地教堂,提出“上打洋人下打官”的口號。8月,熱河地區義和團和蒙漢群眾2萬多人圍攻東蒙古教區總堂松樹嘴子教堂,圍攻數日不克。後教堂請求侵入我國東北之俄軍保護,血腥鎮壓反洋教群眾。在反洋教鬥爭最激烈的內蒙古中西部地區、殺死外國傳教士7人和教民數千人,攻佔、焚燬教堂70余座。
    7月,沙俄軍隊入侵呼倫貝爾,在海拉爾等地與清朝駐軍激戰,清軍不敵,呼倫貝爾被俄軍侵佔。
    秋,在哲裏木盟科左前旗圖合木地方,爆發了由蒙古人剛布、桑布兄弟領導的反王公武裝起義,在圖合木建立據點,聚眾數千人。蒙古王公調兵會剿不敵,招撫無效後,便邀俄軍協剿鎮壓了這次起義。

1901年  

     4月,哲裏木盟科左中旗爆發了花裏亞遜造反事件。該旗札薩克土謝圖親王兼哲盟盟長色旺諾爾布桑寶因其暴虐殘忍,窮奢極欲,全旗上下無不憤慨。家奴出身的王府護衛花裏亞遜、屬吏花連及兵丁得及得噶拉桑等策動家奴、旗兵造反,色旺諾爾布桑寶攜帶幾名近侍出逃至離王府百餘裏的一座寺廟中藏身。造反者尾追而至,打死7名近侍,該王在廟中自縊斃命。這是當時震驚東蒙的官逼民反事件。一年後清朝政府特派兵部尚書裕德為欽差大臣專程查辦,處死了造反首領花裏亞遜等。
    3月,清政府懲處了內蒙古西部地區與反洋教有關的地方官員,歸綏道尹鄭文欽被處死,歸化城副都統被革職,歸化城、和林格爾、托克托、寧遠等四廳的同知或通判被處以“斬監候”;參與或支持反洋教的達拉特、準格爾、阿拉善等旗札薩克,或被革爵或“傳旨申斥”。9月,清政府與外國教會達成教案賠款協議,內蒙古西部各蒙旗總計賠款達70萬兩白銀。反洋教鬥爭激烈的蒙旗,如達拉特旗賠銀37萬兩,四子王旗11萬兩、鄂托克旗8.4萬兩、阿拉善5萬兩。如無白銀支付,便以土地牧場和牲畜償付。傳教士煽動教民對反洋教群眾進行各種形式的報復,驅趕殺害非教民,挑起矛盾,製造慘案。
    俄國皇家地理學會派地質隊勘查呼倫貝爾的扎賚諾爾煤田,企圖搶佔該煤田開採權。同時,俄國測量團也進入呼倫貝爾和扎賚特旗,歷時6年,測繪1:5萬比例尺地形圖251幅,面積11萬多平方公里。

1902年  

    1月,慈禧太后和光緒皇帝在從西安返京途中,批准山西巡撫岑春煊為籌賠教款奏請開墾西蒙各旗土地之奏議,並任命兵部左侍郎貽谷為督辦蒙旗墾務大臣。
    春,貽谷赴任,在綏遠城設督辦蒙旗墾務總局,後又設辦理察哈爾右翼墾務之豐寧墾務局、辦理察哈爾左翼墾務之張家口墾務局;設西盟墾務總局,分管烏、伊二盟之墾務;設綏遠城八旗牧場墾務局,專理大青山後山八旗牧場墾務。伊、烏兩盟各札薩克官員聯名呈文抵制放墾。
    黑龍江將軍在其所轄東蒙郭爾羅斯後旗、扎賚特旗、杜爾伯特旗放墾蒙地。吉林將軍在所轄郭爾羅斯前旗放墾蒙地。盛京將軍在所轄科爾沁6旗陸續放墾蒙地。東蒙墾務全面推行。
俄國在呼倫貝爾扎賚諾爾建成一號礦井,命名為“波尼科夫礦”。1903年開始出煤。
10月,卓索圖盟喀喇沁右旗札薩克郡王貢桑諾爾布,在該旗創辦崇正學堂,教習蒙漢語文。貽谷創辦綏遠城武備學堂,以編練新軍。
    

1903年  

    4月,伊盟盟長、杭錦旗札薩克貝子阿爾賓巴雅爾迫於清朝政府的壓力,派官員赴綏遠城報墾,其他各旗也陸續報墾。但阿王拒不劃撥放墾地段,各旗也紛紛傚法。烏盟各旗對於光緒皇帝諭旨和理藩院飭令置之不理。
清朝政府在河套設五原廳,在大青山以北設武川廳,在察哈爾右翼四旗設興和廳和陶林廳,管轄各該地移入之漢族農民。
    11月,歸綏道尹樸壽奉部令將古豐書院改為歸綏中學堂。貢桑諾爾布郡王又創辦了毓正女子學堂和守正武備學堂。近代新式學校開始在內蒙古出現。

1904年  

    伊盟盟長,杭錦旗札薩克阿爾賓巴雅爾因抵制放墾而被清政府撤銷盟長職務,任命積極報墾的烏審旗札薩克察克都爾色楞為盟長,在伊盟全面推行放墾。
伊盟各旗普遍爆發“獨貴龍”抗墾鬥爭,最著名者為烏審旗“獨貴龍”群眾,焚燒墾務帳目表冊,痛打驅逐墾務官員;準格爾旗“獨貴龍”更與漢族農民聯手,並得到該旗協理&吉丹丕爾的支持。伊盟墾務遲遲不能推行。
    內蒙古東部蘇魯克旗人白音大賚首先發動武裝抗墾,在彰武、靖安、洮南一帶流動作戰;郭爾羅斯前旗&吉出身的陶克陶代表旗民勸阻旗府放墾,結果遭拷打;該旗白音吐斯帶領蒙民武裝抗墾,被清軍捕殺,余眾與陶克陶會合,繼續抗墾。
    清政府在科爾沁右翼三旗新辟墾區,並設洮南府及靖安、開通等縣。
    科爾沁右翼前旗郡王烏泰以全旗礦産牲畜作抵押,從華俄道勝銀行借款20萬盧布,為償還債務,到1904年放墾該旗土地60余萬坰,以後又放墾30余萬坰。
日俄戰爭爆發,日俄兩個帝國主義在中國的土地上打了一場劃分東北和蒙古地區勢力範圍的戰爭。
    綏遠城將軍貽谷在綏遠城辦新式陸軍,開辦武備陸軍學校。並改啟秀書院為綏遠中學堂。

1905年  

    夏,貽谷的蒙旗墾務在伊盟受阻後,便派員赴各旗設立墾務局,強行放墾。
    夏,丹丕爾一方面派兵阻墾,一方面與“獨貴龍”聯合,驅逐墾務官員,搗毀墾務機構。10月,貽谷派清軍鎮壓,丹丕爾親率武裝流動作戰,直至年底。
    烏審旗組成12個“獨貴龍”,聚眾2 000餘人,設立總部,堅持抗墾,致使該旗墾務數年無進展。杭錦旗組成13個“獨貴龍”,以鳥槍、棍棒打擊墾務官員,不久與達拉特旗的“獨貴龍”聯合抗墾,使墾務難以進行。札薩克旗蒙民在活佛旺丹尼瑪的率領下,組成“獨貴龍”,驅趕墾務人員。此外,郡王旗、鄂托克旗均組織“獨貴龍”抗墾。貽谷的墾務在伊盟再次受挫。
    7月,中國同盟會在日本成立,其國內北部支部下設蒙古分會,負責蒙古等地的黨務。
10月,清政府轉發左紹佐有關在蒙古改建行省的奏折,要求各地官員“體察情形,通盤籌畫”,於是便有各地都統、將軍上奏清廷在內蒙古設省。
    冬,蒙古族地方士紳阜德勝在科右前旗索倫創辦祥裕木植公司,投入資本1.6萬兩白銀,股東均係當地蒙古人。歸綏兵備道胡孚宸創辦歸化城毛紡工藝局,官方籌銀4 000兩,商股1 000兩,總計資本7 000兩,為官商合辦性質。喀喇沁右旗札薩克貢桑諾爾布創辦該旗綜合工廠,織布、染色、織毯、制氈、制肥皂、制蠟燭、制染料等,附設百貨商店。
貢桑諾爾布創辦蒙漢合璧石印報紙《嬰報》,這是內蒙古近代報紙之開端。