三峽庫區移民搬遷安置工作於１９９３年正式實施，至２００５年底，國家已累計投入三峽移民資金５１０億元；庫區累計搬遷移民１１１．３２萬人，還建各類房屋３３８９．２５萬平方米，搬遷、破産關閉工礦企業１５２８家。
　　此次審計抽查的移民資金管理和使用單位中的絕大多數財務管理機構比較健全，會計核算較為規範，用於移民搬遷安置的資金能夠及時下撥，給移民戶和移民個人的補償款能夠按照國家規定的標準發放。移民資金的管理使用情況總體是好的，保證了各主要搬遷任務完成進度總體提前。
　　審計共抽查了４９個移民工程項目和１２０戶搬遷、關閉破産工礦企業。從抽查情況看，這些搬遷項目基本能夠按照移民安置規劃和有關要求組織實施，遵守基本建設程序，積極推行項目法人負責制、招投標制、監理制和合同管理制等工程管理制度。移民工程的項目管理基本規範，質量總體良好。

發現各類違規問題金額２．８９億元

　　此次審計共發現各類違規問題金額２．８９億元。
　　一是違規使用移民資金２．７２億元。主要用於超規模移民項目或非移民項目建設、行政開支、辦企業、平衡預算、購房、付息等。如：雲陽縣交通局出借１４４０萬元移民資金用於非移民項目；重慶市移民局超計劃和重復安排計劃使用移民資金５４２．２４ 萬元購建辦公用房、培訓中心和職工住宅。此外，審計還發現５起涉嫌侵佔移民資金的案件，已移交公安機關和紀檢監察部門處理。
　　二是虛報多得移民補償和政策性補助資金１６９４．３２萬元。如２００１至２００５年，交通部第二航務工程勘察設計院江北分院萬州項目部利用受託對萬州紅溪溝碼頭項目進行建設管理之機，串通施工單位採用虛假設計變更、高套定額和提高材料價格等手段虛增工程造價，套取移民資金４７６．３２萬元。

移民培訓費支出不合理，大量資金用於蓋樓

　　此次審計發現，兩省（市）至２００５年底累計支出的２．８４億元培訓費中，用於對移民進行技能培訓的僅為５９５２萬元，佔２１％，遠遠低於國家規定的６０％的比例；而用於建設培訓中心等“土木工程”和購置設備的支出卻高達１．３９億元，佔４９％。重慶市個別區縣建購的培訓中心規格很高、而利用率卻極低。

移民扶持項目申報審批程序複雜，大量資金滯留財政部門

　　審計抽查了重慶市萬州區等６個區縣的移民後期扶持項目實施情況，均發現存在資金撥付滯後、項目實施緩慢問題。
　　萬州區２００４、２００５年的１５３個移民後期扶持項目、６５４９萬元後期扶持補助資金，至２００５年底仍有８７個扶持項目未開工、５５６３萬元補助資金滯留在區財政局和移民局。
　　由於申報審批程序複雜，重慶市２００４年度的産業發展基金投資補助和貸款貼息兩類投資計劃２００５年５月、９月才分別下達到區縣。

耕地量少瘠薄，就業崗位不足，部分移民安置質量不高

　　審計隨機走訪了２８個鄉鎮的４２９戶後靠安置農村移民，發現受訪移民的人均耕地數量不足，且多數土層較薄、保水保肥效果差，部分移民生活較為困難。
　　三峽庫區２０個移民區縣中，有１１個區縣為國家扶貧開發工作重點縣，經濟比較落後，缺乏産業支撐，遷建期間又破産、關閉了近６３％的工礦企業，讓很多移民就業無門。

已整改違規問題金額２．４２億元，整改率達８３．７％

　　目前，國家審計署已依法出具審計報告，並下達了審計決定書。對審計發現的違規使用移民資金等問題，國務院三峽辦高度重視，至２００６年１２月底，兩省（市）通過收回、歸墊被擠佔挪用的資金和補辦相應手續等方式，已整改違規問題金額２．４２億元，整改率達８３．７％。