知識産權保護制度適用於所有技術領域，同樣也適用於中醫藥創新。國家知識産權局醫藥生物發明審查部部長張清奎在接受記者採訪時説，我國中藥的知識産權保護主要有以下幾種方式。

　　一、 傳統的保密方式。

　　這是我國中藥行業上千年發展史中進行自我保護所採用的傳統手段。如以秘方的形式加以保護，保密措施就是我們熟知的“祖傳”，“傳子不傳女”等。這在古代中藥的採摘、炮製、處方還處於個人或家庭小規模經營活動的時期，是非常行之有效的保護措施。但隨着時代的發展，中藥生産已形成工業化大生産規模，這種方式就受到了很大的限制。只有極少數涉及國家重大利益的中藥才允許採用保密方式保護。

　　二、 新藥的行政保護。

　　在計劃經濟體制時期，為了避免低水平的重復仿製，衞生部曾經制定並下達過《新藥審批辦法》和《有關中藥部分的修訂和補充規定》。但新藥保護只是國內階段性的行政保護措施，現在已經取消。

　　三、 中藥品種保護。

　　目前大多數中藥企業對自己的産品所採取的保護措施主要是中藥品種保護，它是以國務院頒佈的《中藥品種保護條例》為依據，重點是保證産品質量，屬於一種行政性質的保護。

　　四、 專利保護。

　　專利是保護髮明創造最有效的手段，專利所保護的是新的技術方案，例如中藥提取物、復方、提取或炮製工藝及新用途等。此外，藥品的包裝也可以申請外觀設計專利。但專利制度只保護新的發明創造，已被公開的藥品就因喪失了新穎性而不能獲得專利權。

　　五、 中藥商標保護。

　　根據商標法的有關規定，人用藥品必須使用註冊商標，未經註冊不得在市場上銷售。商標是生産經營中藥産品的企業的象徵。道地中藥材也應該使用註冊商標。