目前新醫改爭議最多的地方，發生在基本藥物制度上。爭議主要發生在兩大部門之間———衞生部和人保部。11月5日《21世紀經濟報道》稱之為：衞生部人保部激烈爭議新醫改基本醫藥制度。

　　爭議主要在兩個焦點展開：一個是新目錄之爭，即：是要保留現行《醫保目錄》還是要重修《基本藥物目錄》；二是基本藥物制度的生産供應模式，衞生部要定點生産、直接配送，統一定價，並“強制”醫療機構使用，而人保部要發揮醫保機構作為藥品主要付費者的“團購”力量，與藥品供方談判出一個合理的基本藥物價格。
　　《醫保目錄》與《基本藥物目錄》，在外行看來無非只是一個稱謂問題，然而對於人保部和衞生部這兩個不同的編制者來説，意味着採納哪個部門提出的基本藥物目錄，誰就主導基本藥物採購、生産、供應等的整個鏈條：衞生部要單設基本藥物供應體系，從生産到使用一管到底；而人保部要發揮團購力量實行基本藥物集中採購。
　　再來看各自的方案本身。衞生部的方案有明顯的計劃色彩，如何實施有效監管，防止滋生定點壟斷，剷除權力尋租空間，恐怕是一個不太好解決的難題，人保部有關人士也敏銳地指出了這一點。可是，反過來醫保機構也不能充當真正意義上的市場力量，由它來和藥品生産者談判議價，是否也同樣存在着尋租空間？
　　如果所謂“激辯”，只是指出對方方案中的缺陷，而無視同樣的缺陷亦存在於自身，只是要以“我的不完善方案”來代替“你的不完善方案”，那麼“激辯”將無法達到完善基本藥物制度，讓民眾滿意的目的。
　　筆者認為，既然是對基本藥物制度的“激辯”，當然應該以基本藥物制度為核心，一切都應該是為了完善基本藥物制度着想。顯然，完善基本藥物制度的關鍵，不在於把主導權給誰更好，這是沒有完美答案的；而在於對相關權力實施怎樣的約束與監督，才能使基本藥物制度的設計初衷真正得以實現。