上海自貿區的面積僅28.78平方公里，而廣東打算將1300平方公里的三個新區和空港區域簡單物理“打包”申報自貿區，“一頂帽子大家戴”的做法，在管理上會有一定的困難；比如管委會的設置地點，都是需要考慮的問題；否則行政和運行成本會比較高，運行效率也會受影響，幾個區域之間自由流動並不現實，頻繁離區進區也會存在一些監管難度。