隨着新三板市場擴容、交易活躍度的提升，新三板業務將為券商增加新的收入來源，但同時也給券商帶來了新的業務風險。
　　新三板擴容緣何牽動券商的神經？這是因為，新三板擴容後的業務藍海，包括定增財務顧問、發行私募債、直投項目、做市商等在內的延伸業務無不被寄予厚望。有券商研究員做過如下估算，假設新三板每年新掛牌企業約1000家左右，每年能帶來的掛牌費收入約5億元左右，如果後續再融資保證在300億~1000億元之間，將為投行帶來承銷收入15億~50億元。
　　有收益就有風險。除了相關政策的兌現存在不確定性之外，券商還需要注意包括掛牌項目、業務模式、持續盈利以及做市商等業務風險。
　　首先在推薦掛牌的項目上，隨着新三板制度的日益完善，對掛牌企業無論從准入門檻還是持續盈利等方面的要求也將趨於嚴格。在推薦掛牌項目的選擇上，券商開始意識到，要選擇優質項目而不是一味比拼項目數量，而部分儲備項目很有可能因不符合相關條件而被拒絕掛牌。此外，掛牌企業也存在因經營不善而倒閉的風險，從而給主辦券商帶來損失。
　　其次，目前對於大部分券商而言，新三板所在的業務部門幾乎都簡單複製投行部門的運作模式，從投行部門抽調人手。實際上，投行業務和新三板業務有着天淵之別。主承銷制下的投行業務將花費大部分精力在發行上市前的準備上，而新三板掛牌企業的門檻相對較低，主辦券商對新三板掛牌公司進行持續督導的必要性和迫切性要更高於創業板和中小板市場。
　　此外，做市商制度對券商而言也存在一定業務風險。
　　眾所周知，做市商最基本的義務是保持市場報價的流動性，如果作為主辦券商的做市商報出某掛牌企業的賣價後，持續有價無市，做市商就必須進一步降低賣價甚至低於當初的買入價，直至該只股票出現成交。由此可以看出，做市商也並非一本萬利，券商的專業定價能力也將遭受考驗。
　　在撮合數量上，做市商也並非每次都能如數撮合。如果出現單方或雙方成交數量不同，就會給做市商帶來一定的存貨風險。