新世紀以來，我國持續加大解決“三農”問題的力度，全社會關心和支持“三農”的氛圍日益濃厚，農民權益保護取得了明顯進展。但由於種種原因，農民權益受損現象仍然存在。這突出表現在兩個方面：在農村，一些地方在徵地過程中不尊重農民的主體地位，工作方式簡單粗暴，徵地補償水平低，失地農民缺乏充分的社會保障；在城市，有的用人單位不依法與農民工簽訂勞動合同，隨意辭退農民工，惡意拖欠甚至剋扣農民工工資，強迫其超時勞動而不支付合理報酬，不依法為農民工繳納養老、失業、醫療等社會保險費等。
　　出現損害農民權益問題的原因是多方面的，其中一個重要原因就是有關法律制度還不完善。一是有關法律對土地徵用中的“公共利益”界定不明確。這為一些地方任意解釋“公共利益”進而濫用徵地權力留下了法律漏洞，也為房地産商亂佔農地打開了方便之門。二是徵地補償標準過低。相關法律規定的徵地補償範圍僅限於與土地有直接&&的損失，未考慮土地自身價值；補償以農地收益為基準計算，沒有反映農地轉為非農地後的升值；有的地方在制定和實施補償時信息不公開，導致補償費被層層截留。三是保障農民工權益的法律法規不完善或執行不力。如對於不簽訂勞動合同的用人單位沒有及時進行糾正，對惡意欠薪者懲戒力度不夠，對處於弱勢的農民工支持保護不足。
　　有效保護農民合法權益，應針對農村徵地以及農民外出務工中遇到的突出問題，進一步完善相關法律制度。當前，可以從以下幾方面着力。一是完善徵地補償制度。明確合理地界定“公共利益”及其適用範圍；確立公平補償原則，逐步提高補償標準，考慮將被徵地農民的生活費用、就業和創業資本、住房、社會保障等作為補償因素，在有條件的地方應當按照土地的市場價值進行補償；完善徵地程序，尊重農民的知情權，並將徵地補償和安置作為徵地前置程序。二是健全農民工權益保護體系。進一步健全相關法律制度，明確農民工的基本權利和合法權益，對農民工的職業培訓、就業指導、勞動條件、居住環境、政治權利、子女入學等作出具體規定。加大勞動執法力度，明確監督主體的職責和權限，建立嚴格而科學的執法監督機制。提高農民工素質，增強其就業能力和維權意識。鼓勵用人單位和社會力量開展農民工職業技能培訓，引導農民工參加培訓；加強法制宣傳，讓農民工了解法律援助、勞動仲裁和民事訴訟等相關法律知識以及自身所享有的合法權益，引導他們通過法律手段維護合法權益。三是加強服務農民的法律援助機構和隊伍建設。逐步建立國家財政支持與社會慈善行為相結合的法律援助模式，加強對農民的法律援助。司法部門在承接農民、農民工的訴訟請求時，應在堅持秉公執法的前提下，給予其更多的幫助和方便。有關組織、協會（如婦聯、工會、産業協會）等應對農民和農民工的訴訟請求提供幫助，降低其維權成本。