日本農業致力於打造農産品品牌，有一個龐大而高效的農業科研體系。
日本農業科研力量主要由五部分組成。一是“國家隊”，最大的研究單位是挂靠在農森水産省的獨立行政法人“農業食品産業技術研究機構”，簡稱農研機構。農研機構為農業、食品生産、農村健全的發展進行開發研究，從名稱上來看或許認為只是研究農作物，實際上研究領域非常寬泛，包括食品加工、流通、消費相關技術，畜産技術，動物衞生、農業工學技術、培養經營農業的人才等。2011財年，日本政府提供給農研機構的科研費為371.32億日元，加上設備費、委託研究費等，可支配開支為451.98億日元。農研機構總共有1600多名研究人員，目前在全國跨學科研究有124重大項目。
除農研機構外，國家級的農業研究機構還有農業生物研究所、農業環境技術研究所、國際農林水産業研究中心。它們都是獨立行政法人，都分別擁有一支龐大農業科研隊伍。
第二梯隊是地方農業研究隊伍，日本全國47個都道府縣都有農業研究中心。各地農業研究中心的經費主要由地方政府承擔。地方農業研究中心研究成果很多。以熊本農業研究中心為例，推出過水稻新品種“熊本425號”、“北陸193號”，黑毛和牛種牛“平茂幸”、褐毛和牛種牛“光晴重”等，對當地農業發展做出很大貢獻。
第三部分是大學農業科研隊伍，主要是大學農學部老師和大學生物科學研究人員。很多日本綜合性大學都有農學部，大多有自己的農場。每個學部都有數十名老師，除上課外，其主要任務是利用尖端設備進行農業科學研究，從理論上對農産品進行科學論證和解析，得出讓人信服的結果，幫助日本農産品打開銷路，創出品牌。
第四部分隊伍是公司科研人員，日本有三家大型農業科技公司(TAKIY種苗公司、SAKATA種子公司、雪印種苗公司)，通過向農民用戶提供開發新的農産品品種賺錢。這三家公司全是自負盈虧，而且和普通公司一樣，要繳納稅收。
第五部分農業研究隊伍是社團法人和非營利組織，如日本農業研究會，日本農藝化學會等，這類不以營利為目的的組織很多，多是提倡符合時代發展方向的農業，如有機農業等。
日本農業科研對中國的啟示有以下幾點：
一是日本農業科研重品牌質量，一個新的品種出來後，在此基礎上不斷進行改良，沒有最好，只有更好。二是日本農業科技注重推廣，屬於國家和地方政府的科研機構，好的研究成果就是要推廣，要回報社會，很少有利用國家科研經費研究的成果變為個人專利並大發其財的例子。三是日本的研究機構是開放的，國家的研究設施，對外開放，其它研究人員必要時通過申請可以利用各种先進的儀器和設備。四是日本農業科研成果相對偏重實際應用，各種發明力爭盡在日常食物中反映出來，使日本人平常消費的糧食和水果品種不斷改善，惠及所有國民。最後，日本農業研究注意食物的安全，不搞轉基因技術食品，注意可持續發展，環保型農業是今後所有科研人員努力的方向。