加入世界貿易組織10年來，我國的加工貿易發展勢頭良好，要不要發展加工貿易已經不再是問題，而怎樣才能夠更好發展加工貿易才是最值得關注的焦點，特別是要將産業安全、環境保護、産業升級、研發能力等方面作為提高加工貿易整體水平的重點。
　　現階段，我國的加工貿易發展正在與過度依賴數量擴張的粗放模式漸行漸遠，而與提高加工貿易水平上的要求則漸行漸近。不過，從當今我國在國際産業分工中所處的地位來看，要擺脫在國際産業鏈條上的低端位置，未來加工貿易的發展還要面臨許多挑戰需要應對，而最有效的辦法就是加大加工貿易轉型升級的力度。
　　一方面，加工貿易的“轉型”要側重於轉變加工貿易的發展方式，如加工貿易的主體轉型要體現出由外資企業向國內企業轉變，加工貿易的對象轉型要體現出由大量進口加工對象向擴大國內採購轉變，加工貿易的方式轉型要體現出由加工出口向加工、生産並舉轉變，而加工貿易的區域的轉型要體現出“騰籠換鳥”的思路，利用騰空的土地資源，東南沿海加工貿易要向中高端産品或生産環節延伸和發展。
　　另一方面，加工貿易的“升級”則要側重於不斷提升在全球價值鏈中的地位，即由價值鏈的低端向高端邁進，如在産業鏈上由低端的加工裝配向高端的産品研發升級，促進加工貿易産業由勞動密集向技術和資本密集升級，實現加工貿易相關産業的適度聚集。從這個意義上講，更加需要通過出口退稅、加工貿易、海關監管等一系列政策調整措施的相互配合，提高加工貿易准入門檻，限制或禁止“兩高一資”産品、低附加值加工貿易産品的進出口。在此基礎上，通過採取一系列政策鼓勵手段，不斷優化加工貿易産品結構，促使加工貿易的技術含量與附加值得到提高。
　　目前來看，積極推進加工貿易轉型升級的成效顯著，但內在的問題還很多，要力戒淺嘗輒止。目前看來，我國加工貿易的重點領域已不再局限於傳統的輕紡産品，2010年機電産品的加工貿易已經佔全部加工貿易的59.2%，而中國90%的高技術産品也都採用加工貿易的方式出口。但我們千萬不能夠為這些表面上看得過去的數字指標而沾沾自喜。
　　事實上，無論是機電産品，還是高技術産品的加工貿易，在中國加工部分的技術含量和附加值都有待提高。更進一步看，即使近些年來我國的加工貿易增長率總體不斷走高，增值率的這種提高在很大程度上又轉換為原材料的國內採購支出增加，其中，一部分加工貿易增值率的提高體現為國內各種生産因素價格的提高，另一部分加工貿易增值率的提高則體現為對低端料件的進口替代，而出於對國內資源環境保護的考慮，這種低端料件的進口替代未必都符合資源優化配置的原則。
　　從未來加工貿易的發展方向看，今後若干年將是我國加工貿易實現轉型升級的一個關鍵時期。應當強調的是，隨着加工貿易對我國相關産業的帶動能力不斷強化，一部分加工貿易也有可能在一定條件下轉換為一般貿易，而這種轉換並不是對加工貿易的否定，而恰恰是我國加工貿易發展到一定水平的必然産物。當然，這種轉換只有順其自然才符合經濟規律。如果短時間內不具備轉換為一般貿易的條件，加工貿易向一般貿易的轉換也不必急於求成。