日本民主黨黨代表每隔兩年選舉一次，在９月１４日黨代表選舉日，菅直人擊敗民主黨前幹事長小澤一郎，成功當選黨魁，因而得以連任首相並於１７日組成新一屆內閣。
　　菅直人新內閣雖然啟航，但前路渺茫。如何彌合選舉留下的裂痕、保證民主黨的團結成為對他的首要考驗，而菅直人能否成功經受住考驗攸關新內閣的前途命運。
　　此次民主黨黨魁選舉異常激烈，雖然菅直人最終獲勝，但選舉也給黨內埋下分化的種子。因金錢政治醜聞下&的小澤為何會跳出來挑戰首相菅直人？這還要從小澤下&説起。
　　５月１１日，民主黨黨首小澤一郎因為金錢政治醜聞宣布辭職後，民主黨的支持率猛跌。新首相菅直人上&後，一方面公開&&，“小澤先生還是老老實實靜養為好”，另一方面，在黨內要職及內閣成員上“去小澤化”，與小澤保持一定距離，從而爭取選票和民心。有評論指出，菅直人的手法與長期以來自民黨推行的各派閥“輪流坐莊”的游戲規則如出一轍。但菅直人未能力挽狂瀾，在７月中旬的參議院大選中民主黨失敗。隨後，８月中旬，小澤放出話來，批評菅直人破壞了長期以來形成的民主黨集體領導體制，違反了民主黨在奪取政權時向國民宣告的政權公約。
　　１４年前，小澤一郎與鳩山由紀夫、菅直人一起創建了民主黨。十幾年來，三人輪流擔任黨首，同舟共濟使得民主黨日益壯大。並在去年９月，將統治日本半個世紀的自民黨趕下了&。鳩山出任首相後，則請小澤當了民主黨的最高實權人物——幹事長，請菅直人當了副首相。但僅過了８個月，鳩山和小澤因為政治獻金醜聞而雙雙下&。於是首相之位讓給了菅直人。菅直人上&後做的第一件事，就是把小澤一郎的親信統統趕出了內閣。這讓民主黨內最大派閥小澤集團（約１５０人）當然不能接受。雖然在鳩山的努力和議員們的呼籲下，８月３１日，菅直人和小澤一郎走進了民主黨黨部，舉行了菅直人任首相以來兩人的第一次會談，但是，小澤並沒有妥協，還是要公開與菅直人一搏黨代表，不過小澤&&，不管自己今後處於什麼樣的位子，都會繼續和大家一起努力，不會分裂民主黨。
　　目前，從民主黨內部來看，菅直人聯合了黨內的幾個中小派系（菅集團約５０人、前原誠司集團約４０人和野田佳彥集團約３０人），而小澤在黨內的實力較大，又有鳩山集團（約５０人）的支持，論政治資歷和黨內影響力，菅直人都處於下風。菅直人的人氣依靠的就是其草根出身，及其不捲入金錢政治的記錄。這也許會間接影響有投票權的部分黨員，但對於黨內具有較大發言權的國會議員來説，他們更重視的是，誰是提供他們競選資金的靠山。不少新議員是在小澤擔任民主黨秘書長時期參選和當選的，菅直人要憑其人氣來感化和拉攏他們恐怕並不容易。然而，小澤的人氣並不高，最新民意調查顯示，７９％的受訪者&&不支持小澤擔任黨內高級職務。因此，當時就有評論指出，小澤即使在黨代表選舉中擊敗菅直人，也應該理智地看待自己在國民中的人氣，不宜執意出任首相。但小澤還是執意而為之。
　　在外交政策上，菅直人不顧民主黨在眾議院選舉時標榜的競選綱領，推出與自民黨更為接近的內外路線，雖然在經濟上重視發展同中國的關係，而在軍事上採取“靠美防華”的政策，菅直人的現實主義外交政策雖獲得了主流的支持，但也得罪了黨內的大批成員。這也是美國支持他的原因之一。小澤的政策理念與鳩山大同小異，他曾經提出過“日美中正三角形論”，他在對美政策上還是會堅持“對等的關係”，對亞政策上則重視搞好對華關係。小澤的理念當然不會讓美國高興，當民主黨即將把自民黨趕下&前夕，小澤第一次因醜聞下&，輿論指出這裡多少能看出有美國的因素摻雜其中。
　　但是，不管怎麼説，在９月１７日菅直人新內閣啟航後，擺在前面的路並不好走。除了面對日元增值、消費稅等國內外堆積如山的難題之外，如何與在野黨控制的參議院打交道也是個問題，新內閣需要學會妥協。