在城市金融機構改制完成後，農村金融機構的改革成為金融改革的重點之一，而隨着利率市場化等一系列因素變化，各省也加快了改革步伐。
　　銀監會合作金融機構監管部2011年曾指出，自當年起不再組建新的農村合作銀行，並將全部改制為農村商業銀行。根據當時的數據，已組建農商行約303家，農合行約210家，另外，有超過1400家農信社達到改制條件，到去年底，已有農商行數量上升至525家。
　　從實際情況來看，農信社、農合行仍普遍存在，以安徽省為例，該省銀監局公開數據顯示，目前轄內有25家農合行、14家農信社。理財周報獲得的一份官方資料顯示，該省計劃在2015年內，完成83家農村合作金融機構改制任務。
　　但最新的消息顯示，安徽省準備將改制計劃提前到今年年底完成。

　　安徽農合機構改制加速

　　農村合作金融機構改革的嘗試始於2010年，2010年，銀監會將農信社、農合行的改革方向定位股份制銀行。
　　銀監會合作金融機構監管部2011年曾指出，自當年起將不再組建新的農村合作銀行，存量亦將全部改制為農村商業銀行。根據當時的數據，已組建農商行約303家，農合行約210家，另外，有超過1400家農信社達到改制條件。
　　具體到地方而言，農信社、農合行的改制道路尚未完成，理財周報記者獲得的一份安徽省農村合作金融機構改革文件顯示，該省計劃在明年全面完成83家農村合作金融機構改制為農村商業銀行目標任務，並力爭實現村鎮銀行縣域全覆蓋。
　　安徽省銀監局的轄內金融機構名單顯示，該省農商行有32家、農合行25家、農信社14家。但該省金融辦人士告訴理財周報記者，目前該省農商行數量已經超過32家，事實上，安徽省在2012年&&的農村金融機構改革方案顯示，該省計劃在2012年全面完成資格股改造，並力爭在2015年前總體改製成産權關係明晰、股權結構合理、公司治理完善的農村商業銀行。這其中，到2014年全部農合行改制完畢，到2015年農信社完成改制。
　　方案要求，一方面置換不良資産，並對成功改制的農信社給予1000萬元獎補，另一方面要引進戰略投資者。這一點在2014年的改革方案中顯示為，引入民間資本。對於民資的資格要求，該份文件並未有所提及，但卻明顯指出，要“發展民間資本控股的農村商業銀行” 。
　　從安徽省金融辦的公開信息來看，該省農村合作銀行已經完成改制，目前剩下最後6家農信社改制任務，這也意味着，到今年年底，安徽省農村合作金融機構將全部改制為農村商業銀行。

　　引入民資推動市場化

　　“改制完成之後，也就意味着農村信用社、農村合作銀行，將在今年年底退出安徽省歷史舞&。”安徽省金融辦銀行處相關人士對理財周報記者&&。
　　而對於今年83家農村合作金融機構的改制任務，該省金融辦銀行處負責人也向記者&&，現有的農合行、農信社每一家都要改製成農商行，改制後將成立新的83家農商行，而不會將其簡單合併成一家或者幾家規模較大的銀行。
　　“我們會尊重縣域法人的地位，不可能對其進行合併，這也符合銀監會對於農村合作金融機構改制的規定。”前述金融辦人士稱。根據農村信用社的相關管理規定，到目前階段，農信社、農合行的管理已經劃歸當地省政府，並具體由各農信社、農合行參股組建的省農村信用聯合社進行日常管理，全部改製成為農商行之後，當地政府的管理策略是否有變？
　　“之前30多家已經改制完成的農商行是由省聯社管理，但因為此次改制的一個重點是要引入民間資本，並明確鼓勵民資控股農商行，這是市場化的表現，相應的管理體制上也會有一些變化。”安徽省農村信用聯合社人士&&。
　　對於民資入股的事項，銀監會相關負責人曾&&，一方面農合機構可以增加資本金，另一方面也可以擴大信貸投放能力，同時銀監會亦要求，新股東需承諾保證機構定位不變。
　　“市場競爭愈發嚴峻的當下，單一機構改製成農商行的作用並不太大。”華東一家大型城商行人士介紹，農村合作金融機構品牌、風控能力都比較脆弱，改制完成之後，對這兩方面有所提升，但單個機構在面對直接市場競爭後，對其也是更大的挑戰，所以，轉制完成之後再進行合併更利於其整體發展。