目前，國家對科研經費使用的管理日趨嚴格，但現行科研經費管理辦法由於具體實施細則過於刻板或僵化，在實際操作中反而滋生了令人擔憂的後果。全國政協委員、中國浦東幹部學院常務副院長馮俊建議，科研經費的管理應該將以往的“正面清單+事前審批”的管理模式轉變成“負面清單+事中監管和事後審計”的管理模式。
　　馮俊介紹，科研經費申請難，但要花掉科研經費更難，錢進了財務處的大門就很難拿出來。這導致了少數科研人員虛列支出或增加無關票據來獲取本應合理獲得的收入，一些有前途的科研人員因此栽了跟頭。
　　馮俊建議，科研經費的管理應區別於政府行政經費的管理，可借鑒上海自貿區探索的成功經驗，將科研資金管理從“正面清單”管理變為“負面清單”管理。先選擇資金量相對較小、但具有較大影響的國家哲學社會科學基金項目和教育部人文社會科學基金項目進行試點，邊試點邊總結完善，經驗成熟後再向其他基金、專項等推廣。