由於我國迄今未能建立起適應投資基金特點的稅收政策體系，三種組織形式的投資基金均面臨嚴重的稅收問題。
　　1、將契約型公募證券基金視為個人投資者徵稅。導致機構投資者需承擔額外稅負：契約型私募基金則處於稅收盲區。按照企業所得稅法，法人企業投資於包括上市公司在內的法人企業，股息紅利作為稅後收益無需繳稅；公益機構的投資收益原本也屬於免稅收益。但是，機構通過基金投資上市公司時，基金取得的股息紅利需比照個人投資者，由上市公司代扣代繳股息紅利稅，就需承擔額外的股息紅利稅。規模龐大的契約型私募基金則由於不進行工商登記，一直處於稅收徵管盲區：不僅基金不作為納稅主體，投資者也不繳稅。
　　2、將公司型基金視為法人企業徵稅，導致雙重徵稅。一是基金需繳納企業所得稅，二是投資者個人還需再繳納個人所得稅，兩個環節合計稅負高達40%。
　　3、將合夥型基金視為一般合夥企業。導致國家稅收政策面臨無法實施的尷尬境地。地方普遍施行越權減免稅政策。
　　基於目前的投資基金徵稅亂象，亟待重構投資基金所得稅體系。筆者建議：
　　1、對符合投資管道條件的各類基金，統籌考慮給予稅收透明體待遇。雖然企業所得稅法規定法人企業是企業所得稅的納稅人，但依據該法第三十六條，國務院有權以稅收優惠方式，特別規定符合投資管道條件的公司型基金由投資者繳納所得稅。
　　2、暫宜統一由基金管理機構為個人履行代扣代繳義務，切實防範各類避稅行為。
　　3、配合推出資本利得稅，鼓勵進行長期投資。對投資未上市企業滿3年的，其轉讓股權所獲得的資本利得，建議減半徵稅；對投資滿5年的，建議減按l/4徵稅。對證券基金轉讓上市股票的所得，鋻於目前股市狀況，可考慮繼續暫免徵稅。
　　4、改進創投基金應納稅所得抵扣政策，將享受抵扣主體從基金轉為投資者。將各類符合投資管道條件的投資基金視為非納稅主體，在投資者環節繳稅後，就可將現行創投基金應納稅所得抵扣政策的享受主體從基金轉為投資者。如此統籌設計後，稅收優惠政策的效果就不會被雙重徵稅大打折扣，將之推廣到其他組織形式也不再存在加劇稅負不公問題。(摘自《中國社科院要報》)