在停牌近三個月後，華潤三九日前發布公告稱，決定終止籌劃本次重大資産重組事宜，令市場措手不及。19日，復牌後的華潤三九跌停，收報於26.41元/股。當天，華潤三九成交量高達36.59萬手，換手率達10.30%。
　　WIND統計數據顯示，截至今年2季度末，共有16家基金公司旗下21隻基金重倉持有了華潤三九，持股總數為1.05億股，佔流通股比例達到了29.45%，持股總市值為28.15億元。照此計算，僅8月19日的一個跌停板，上述21隻基金就浮虧了3.07億元。
　　對於此次終止重大資産重組的原因，華潤三九在公告中解釋稱，經過調查和論證，“由於行業、政策和市場等發生變化的影響超出籌劃重組時各方預期，導致擬收購資産的盈利前景存在較大不確定性。”公司在綜合考慮收購成本、收購風險等因素的基礎上，決定終止籌劃本次重大資産重組事宜。
　　6月3日，華潤三九發布公告稱，華潤醫藥集團有限公司正在籌劃公司重大資産重組事項。稍後，記者從多方渠道證實，華潤三九此次並購的對像是避孕藥“毓婷”的生産企業北京紫竹藥業有限公司(簡稱“紫竹藥業”)。隨後，華潤三九在重大資産重組進程公告中披露，交易對方為華潤醫藥控股有限公司的全資子公司華潤醫藥投資有限公司及其控股的北京醫藥集團有限責任公司。2012年11月份，上海聯合産權交易所刊發一則項目掛牌公告，標的為北京紫竹藥業有限公司42.28%股權，掛牌價格為15.48億元。彼時，北京醫藥集團有限責任公司持有紫竹藥業47.28%股權，中國信達資産管理股份有限公司則持有42.28%股權。
　　究竟是什麼原因導致華潤三九並購紫竹藥業落空？華潤三九行政總監郭欣19日接受《經濟參考報》記者採訪時説，主要是行業、政策和市場的原因，與公司自身生産經營狀況沒有關係。“並非華潤三九公司業績不好，促使重組計劃落空。”他説。
　　“不知道，不清楚。”北京紫竹藥業有限公司政府事務總監任輝19日如是回答《經濟參考報》記者提問。華潤醫藥集團內部人士也&&不清楚其中原因。“並購方本來就很強勢，並購不成功可能是紫竹藥業提出了一些要求。”北大縱橫管理諮詢集團醫藥行業中心總經理史立臣告訴《經濟參考報》記者，除文化融合磨合難原因外，紫竹藥業非常強勢，全部整合至華潤三九很難也是重要原因。
　　“儘管有華潤集團這棵大樹支持，但華潤三九的非處方藥業務並不比紫竹藥業強勢。”史立臣説，兩家旗鼓相當、勢均力敵，需要全部整合到華潤三九的非處方藥平台上很難。公開資料顯示，截至2012年6月30日，紫竹藥業實現營業收入4.14億元，凈利潤1.10億元，凈資産評估值為36.61億元，比賬面價值(8.22億元)增值3.45倍。紫竹藥業是以非處方藥為主的企業。
　　“紫竹藥業資産進入華潤三九，需要對優勢資産評估，不具備優勢的資産要剝離。”史立臣指出，這些操作背後涉及很多經濟利益、人事糾紛等內部問題，運作起來非常複雜。
　　作為兩融的標的之一，WIND數據顯示，華潤三九的融資餘額自今年5月底以來持續減少，由5月29日的1.45億元下降至8月16日的7079萬元，減少了一半以上；融券餘額目前則為1239萬元。業內人士看來，由於是兩融標的，華潤三九有做空動能被放大的可能性。