8月16日的“烏龍指”事件發生之後，光大證券的內控再度遭到了市場的普遍質疑。

    著名財經作家李德林説，光大證券説的問題跟獨立使用的套利交易系統有關。按照光大內部的部門設置，應該是策略投資部門的衍生品交易，即結構性産品交易出現問題。需要理清的是，問題到底出現在什麼地方呢？策略投資部門是否有獨立的自營資金池？是否同公司的股票自營資金池共享？套利交易系統是處於真實交易狀態？還是模擬交易狀態？

    實際上，不僅僅是自營部門，在投行部門，光大證券的內控和風險防範機制也頻遭市場質疑。證監會網站關於保薦機構及保薦代表人的信用監管記錄顯示，自2004年保薦制實施以來，光大證券合計被採取監管措施8次。共有6位保薦代表人被處以監管談話、3個月不受理項目等監管措施；同時，光大證券也因海博股份非公開發行和康達化工IPO分別有“談話提醒”和“出具警示函”兩次信用記錄。

    稍早之前的6月20日，光大證券發布公告稱，該公司當天收到中國證監會因天豐節能項目對公司立案調查的《調查通知書》(稽查總隊調查通字130819號)。光大證券將積極協助配合中國證監會對公司投行業務的相關調查工作。證監會在此前的新聞發布會上&&，2013年4月15日，IPO財務專項檢查小組進駐天豐節能開展現場檢查，發現其存在違法違規嫌疑。4月18日，證監會稽查總隊對天豐節能進行初步調查，發現該公司涉嫌虛增收入、虛增資産、關聯交易非關聯化、關聯交易未入賬等違法違規行為，在報送IPO申請文件及財務自查報告中虛假記載。此外，在天豐節能申請IPO過程中，保薦機構光大證券等中介機構涉嫌未勤勉盡責、導致出具的相關文件存在虛假記載等違法違規行為，光大證券的此次被立案調查，也使得其成為繼平安證券、民生證券和南京證券之後，第四家被單獨立案調查的券商。