近日，敦煌種業公告稱，公司控股子公司敦煌先鋒因種子問題遭甘肅農牧廳處以沒收違法所得26.45萬元，並處違法所得5倍計132.25萬元的罰款。此前，敦煌種業就因種子問題，為減産農戶付出鉅額賠償，並接到大額罰單。受此波及，敦煌種業業績連遭重挫。
　　有某券商行業分析師&&，這樣鉅額的處罰是非常嚴重的，標識錯誤或許僅是敦煌種業官方的説法，實際上有可能是種子以次充好或者進行套牌生産。這已經上升到非常嚴重的誠信問題。另外，敦煌種業2011年年報的披露時間是2012年3月29日，而關於敦煌先鋒品種出問題，給農戶帶來的賠償，公司只將原因歸咎於品種的適應性不強。對其所謂的品種“標識錯誤”以及後期可能會招致上級主管部門的查處並且罰款的風險卻是只字不提。除此之外，農業部2011年春季種子市場聯動抽查結果顯示，敦煌種業共有4項玉米雜交種抽查質量不合格，其不合格數居上市公司之首。