停牌5個交易日後，紫光股份終於發布澄清公告，針對《紫光股份涉嫌隱瞞重大事項、清華係陷公章造假門》、《因媒體報道相關事項紫光股份緊急停牌》和《紫光股份禍起恒立重組深陷涉嫌造假等三宗罪》中的重重質疑，紫光股份&&：首先，自2002年10 月31日之後清華同仁就與公司不存在股權關係，也不存在任何關聯關係。
　　其次，由於紫光興業在2010年5月1日由紫光股份子公司紫光通訊轉讓給了清華同仁，因此紫光股份對2010年5月26日洋浦鑫盈與清華同仁、紫光興業、紫光投資等公司簽署協議的事情以及後來的諸多事端皆不知情。
　　此外，針對“自2003年以來，清華同仁多次、長期拖欠紫光股份債務，2010 年達2000多萬元，佔紫光股份當期全部債權的6.86%。”紫光股份澄清稱：公司年報顯示2010 年末，公司應收清華同仁 2296 萬元的應收賬款，賬齡為 1 年以內，佔公司當期應收賬款總額的 4.75%，該應收賬款為公司貿易業務産生的往來。

　　與清華同仁等3家公司撇清關係

　　因S*ST恒立重組牽出問題資産貴州林東煤業，繼而暴露了洋浦鑫盈與清華同仁、紫光興業、紫光投資、紫光通訊等公司之間的糾葛，並出現多筆值得推敲的交易，更有甚者質疑清華同仁係“偽清華”公司，從股權關係上看，清華同仁從2002年10月之後就與“清華”概念徹底沒有關係。
  　上述三遍報道中質疑的焦點之一在於，紫光股份與清華同仁、紫光投資、紫光興業是否為關聯公司？有關這幾家公司、尤其是紫光興業的一系列交易與委託，紫光股份是否知曉？如果知而不報，即涉嫌隱瞞重大事項。
　　紫光股份澄清稱，啟迪控股有限公司(現在的紫光通訊)原持有清華同仁60%股權，2002年9月7日清華同仁隨同啟迪控股置換入紫光股份，2002 年10月31日啟迪控股將持有的清華同仁全部股權轉讓，在此之後清華同仁與公司不存在股權關係，也不存在任何關聯關係。對於紫光投資，紫光股份稱與其不存在股權關係和任何關聯關係。那麼曾是紫光股份孫公司的紫光興業又是何時轉讓的？

　　紫光興業轉讓日期源於會計差錯？

　　紫光股份在澄清公告中稱，紫光興業原為公司控股子公司紫光通訊持股60%的子公司，已自2010年5月1日起由紫光通訊轉讓給了清華同仁。因本次股權轉讓交易價格為960萬元，未達到披露標準，公司對此未做出臨時公告；此後紫光興業所發生的重大交易事項公司也沒有披露義務。原文中稱“紫光興業所有經營業務、公章和營業執照等重要文件以及可以辦理紫光興業過戶的工商行政手續等已於 2010 年 4 月 30 日全部移交給了清華同仁。” 記者查閱紫光股份2010年年報，其中顯示，紫光興業的出售日為2010年11月30日，轉讓後無持股比例。
　　年報中紫光興業的出售日比澄清公告中説的2010年4月30日晚了7個月，而牽出後面一系列質疑的重要事件就是2010年5月，洋浦鑫盈與清華同仁、紫光興業、紫光投資簽署委託持有林東煤業 65%的股權協議。紫光股份稱，由於 2010 年底前紫光通訊才收到了上述全部股權轉讓款項，公司在會計處理上對紫光興業在 2010 年 11 月 30 日前進行了相應的合併。此項會計處理應進行會計差錯更正，即合併結束日應為 2010年 4 月 30 日更為合適。
　　紫光股份稱，由於2010年5月1日之後，紫光通訊已失去對紫光興業的實際控制權。上述媒體報道的相關事項均發生在該日期之後，因此對紫光興業所發生的重大交易事項公司沒有披露義務。