為改善圈養大熊貓種群遺傳結構，保持種群遺傳多樣性，國家林業局保護司每年初都會下達當年度的《全國圈養大熊貓優化繁育配對方案》，全國各大熊貓管理單位依據方案進行大熊貓繁育工作。
大熊貓配對有嚴格的要求，不僅要避免個體間的近親繁殖，還要盡最大可能保留群體的基因多樣性。大熊貓繁育計劃的制定要根據大熊貓譜係計算個體間的親緣關係，計算得到每個大熊貓在種群中的平均血緣系數（MK Value），確定本年度候選個體間的配對適宜性指數（MSI, Mate Suitability Index）。MSI值分為有利（MSI=1、2、3）和有害（MSI=4、5、6）兩類。嚴格的遺傳管理只應選擇有利的配對。但是，由於動物行為、身體健康狀況等原因，有利分值的個體數量太少，往往難以滿足大熊貓配對的需要。在這種情況下，可以適當放寬，將MSI為4的配對用於繁殖，但MSI為5、6無論如何都應當被禁止。