2008年汶川大地震給臥龍大熊貓棲息地造成影響，嚴重的山體坍塌把大熊貓通道及棲息地切割成了許多孤島，直接影響了野生大熊貓的垂直遷徙。
中國保護大熊貓研究中心臥龍基地距離震中直線距離不到20公里，在地震中受到重創，32套大熊貓圈舍有14套完全被摧毀，18套嚴重受損，交通、通訊、水電等基礎設施癱瘓，63隻圈養大熊貓1隻死亡1隻失蹤。倖存的大熊貓被分批轉移，32隻被轉移到成都、北京、福州等地寄養，其餘的則被轉移到碧峰峽基地緊急安置。
震後，原中國臥龍大熊貓博物館改建為“臥龍自然與地震博物館”，中國大熊貓保護研究中心在臥龍神樹坪——黃草坪一帶異地重建，在都江堰新建大熊貓救護與疾病控制中心。2012年10月30日，大熊貓回家儀式在臥龍神樹坪基地舉行，歡迎震後首批18隻大熊貓從碧峰峽基地重返臥龍，標誌着臥龍災後重建工作基本完成。